Tổng công ty Xây dựng đường thủy – CTCP tiền thân là Liên hiệp các Xí nghiệp Nạo vét sông, biển, được thành lập theo Quyết định số 2010/QĐ-TCCB ngày 09/12/1982.
Để phù hợp với việc thực hiện các nhiệm vụ do Nhà nước giao trong các thời kỳ. Liên hiệp các Xí nghiệp Nạo vét sông, biển tiếp đó được đổi tên thành Liên hiệp các xí nghiệp giao thông đường thủy và Liên hiệp các xí nghiệp quản lý giao thông đường thủy.
Do tình hình kinh tế xã hội gặp nhiều khó khăn vào cuối những năm 80 của thế kỷ trước, các hoạt động của doanh nghiệp theo hình thức kết hợp giữa nhiệm vụ quản lý với kinh doanh đem lại hiệu quả kinh tế không cao nên Đảng và Nhà nước đã có chỉ đạo yêu cầu tách công tác quản lý Nhà nước trong các doanh nghiệp ra khỏi hoạt động sản xuất kinh doanh và cho phép thành lập các doanh nghiệp hoạt động theo cơ chế thị trường có định hướng của Nhà nước. Ngày 21/12/1991, Bộ Giao thông vận tải có quyết định số 2726/QĐ-TCCB-LĐ về việc thành lập “Tổng công ty Xây dựng đường thủy”. Tổng công ty là doanh nghiệp Nhà nước, hạch toán kinh tế độc lập, có tư cách pháp nhân đầy đủ. Chức năng và nhiệm vụ kinh doanh chính là xây dựng công trình giao thông đường thủy trong phạm vi cả nước.
Để tạo sự thống nhất trong quản lý Nhà nước, phù hợp với xu thế hội nhập và thực hiện đúng lộ trình đã được Quốc hội thông qua khi sửa đổi Luật Doanh nghiệp năm 2005. Ngày 30/6/2010. Bộ Giao thông vận tải có Quyết định số 1845/QĐ-BGTVT về việc thành lập Công ty Mẹ - Tổng công ty Xây dựng đường thuỷ trên cơ sở sắp xếp, tổ chức lại Tổng công ty Xây dựng, trong đó công ty mẹ là công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do Nhà nước sở hữu 100% vốn điều lệ.
Nhằm đẩy mạnh việc tái cơ cấu doanh nghiệp Nhà nước, ngày 06/01/2014, Thủ tướng Chính phủ có Quyết định số 21/QĐ-TTg về việc cổ phần hóa công ty mẹ - Tổng công ty Xây dựng đường thủy trên cơ sở bán bớt một phần vốn Nhà nước vừa phát hành thêm cổ phiếu để tăng vốn Điều lệ. Tiếp đó, ngày 15/5/2014, Tổng công ty đã tổ chức Đại hội đồng cổ đông lần đầu, được Sở Kế hoạch và Đầu tư thành phố Hà Nội cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh thay đổi lần thứ 3 ngày 30/5/2014. Bắt đầu hoạt động theo hình thức công ty cổ phần từ ngày 01/6/2014.
Ngành nghề kinh doanh chính:
Nạo vét, phun hút tạo bãi, san lấp mặt bằng các công trình (bao gồm: giao thông, thủy lợi, thủy sản, quốc phòng, đường bộ, công nghiệp);
Xây dựng đường hầm, hầm kỹ thuật ngầm dưới đất, qua sông;
Xây dựng công trình đường bộ;
Hoạt động kinh doanh bất động sản;
Sản xuất và thi công lắp đặt các hệ thống phao tiêu báo hiệu, biển báo, trạm đèn hải đăng bảo đảm giao thông đường bộ, đường sông, đường biển.