- Năm 1988, Ngân hàng Phát triển Nông nghiệp Việt Nam được thành lập theo Nghị định số 53/HĐBT ngày 26/3/1988 của Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chính phủ) về việc thành lập các ngân hàng chuyên doanh, trong đó có Ngân hàng Phát triển Nông nghiệp Việt Nam hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp, nông thôn.

- Ngày 14/11/1990, Chủ tịch Hội đồng Bộ trưởng (nay là Thủ tướng Chính phủ) ký Quyết định số 400/CT thành lập Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam thay thế Ngân hàng Phát triển Nông nghiệp Việt Nam. Ngân hàng Nông nghiệp là Ngân hàng thương mại đa năng, hoạt động chủ yếu trên lĩnh vực nông nghiệp, nông thôn, là một pháp nhân, hạch toán kinh tế độc lập, tự chủ, tự chịu trách nhiệm về hoạt động của mình trước pháp luật.

- Ngày 01/03/1991, Thống đốc Ngân hàng Nhà nước có Quyết định số 18/NH-QĐ thành lập Văn phòng đại diện Ngân hàng Nông nghiệp tại Thành phố Hồ Chí Minh và ngày 24/6/1994, Thống đốc có văn bản số 439/CV-TCCB chấp thuận cho Ngân hàng nông nghiệp được thành lập văn phòng miền Trung tại Thành phố Quy Nhơn - tỉnh Bình Dịnh.

- Ngày 22/12/1992, Thống đốc Ngân hàng Nhà nước có Quyết định số 603/NH-QĐ về việc thành lập chi nhánh Ngân hàng Nông nghiệp các tỉnh thành phố trực thuộc Ngân hàng Nông nghiệp gồm có 3 Sở giao dịch (Sở giao dịch I tại Hà Nội và Sở giao dịch II tại Văn phòng đại diện khu vực miền Nam và Sở giao dịch 3 tại Văn phòng miền Trung) và 43 chi nhánh ngân hàng nông nghiệp tỉnh, thành phố. Chi nhánh Ngân hàng Nông nghiệp quận, huyện, thị xã có 475 chi nhánh.

- Năm 1993, Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam ban hành quy chế thi đua khen thưởng tạo ra những chuẩn mực cho các cá nhân và tập thể phấn đấu trên mọi cương vị và nhiệm vụ công tác. Tổ chức được hội nghị tổng kết toàn quốc có các giám độc chi nhánh huyện suất sắc nhất của tỉnh thành phố.

- Ngày 30/7/1994 tại Quyết định số 160/QĐ-NHN9, Thống đốc Ngân hàng Nhà nước chấp thuận mô hình đổi mới hệ thống quản lý của Ngân hàng nông nghiệp Việt Nam, trên cơ sở đó, Tổng giám đốc Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam cụ thể hóa bằng văn bản số 927/TCCB/Ngân hàng Nông nghiệp ngày 16/08/1994 xác định: Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam có 2 cấp: Cấp tham mưu và Cấp trực tiếp kinh doanh. Đây thực sự là bước ngoặt về tổ chức bộ máy của Ngân hàng nông nghiệp Việt Nam và cũng là nền tảng cho hoạt động kinh doanh của Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Việt Nam sau này.

- Ngày 7/3/1994 theo Quyết định số 90/TTg của Thủ tướng Chính phủ , Ngân hàng Nông Nghiệp Việt Nam hoạt động heo mô hình Tổng công ty Nhà nước với cơ cấu tổ chức bao gồm Hội đồng Quản trị, Tổng Giám đốc, bọ máy giúp việc bao gòm bộ máy kiểm soát nội bộ, các đơn vị thành viên bao gồm các đơn vị hạch toán phụ thuộc, hạch toán độc lập, đơn vị sự nghiệp, phân biệt rõ chức năng quản lý và chức năng điều hành, Chủ tịch Hội đồng quản trị không kiêm Tổng Giám đốc.

Vốn hoạt động ban đầu là 400 tỷ đồng do Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam góp 200 tỷ đồng, Ngân hàng Ngoại thương 100 tỷ đồng và Ngân hàng Nhà nước 100 tỷ đồng. Hoạt động của Ngân hàng Phục vụ người nghèo vì mục tiêu xóa đói giảm nghèo, không vì mục đích lợi nhuận, thực hiện bảo toàn vốn ban đầu, phát triển vốn, bù đắp chi phí. Ngân hàng Phục vụ Người nghèo - thực chất là bộ phận tác nghiệp của Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam tồn tại và phát triển mạnh. Tới tháng 09/2002, dư nợ đã lên tới 6.694 tỷ, có uy tín cả trong và ngoài nước, được các Tổ chức quốc tế đánh giá cao và đặc biệt được mọi tầng lớn nhân dân ửng hộ, quý trọng. Chính vì những kết quả như vậy, ngày 04/10/2002, Thủ tướng chính phủ đã ban hành Quyết định số 131/2002/QĐ-TTg thành lập Ngân hàng Chính sách xã hội trên cơ sở Ngân hàng Phục vụ Người nghèo - Từ 01/01/2003 Ngân hàng Phục vụ Người nghèo đã chuyển thành NH Chính sách xã hội.

- Ngày 15/11/1996, được Thủ tướng Chính phủ ủy quyền, Thống đốc Ngân hàng Nhà nước Việt Nam ký Quyết định số 280/QĐ-NHNN đổi tên Ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam thành Ngân hàng Nông nghiệp và phát triển Nông thôn Việt Nam.

- Trong năm 1998, NHNo đã tập trung nâng cao chất lượng tín dụng, xử lý nợ tồn đọng cũ và quản lý chặt chẽ hơn công tác thẩm định, xét duyệt các khoản cho vay mới, tiến hành các biện pháp phù hợp để giảm nợ thấp quá hạn.

- Năm 1999, chính phủ Việt Nam đặc biệt quan tâm và tập trung đầu tư phát triển nông nghiệp nông thôn. Luật Ngân hàng Nhà nước và Luật các tổ chức tín dụng có hiệu lực thi hành, tạo hành lang pháp lý cho hoạt động ngân hàng.

- Tháng 2 năm 1999 Chủ tịch Hội đồng Quản trị ban hành Quyết định số 234/HĐQT-08 về quy định quản lý điều hành hoạt động kinh doanh ngoại hối trong hệ thống Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Việt Nam. Tập trung thanh toán quốc tế về Sở Giao dịch Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Việt nam ( Sở giao dịch được thành lập thay thế Sở giao dịch kinh doanh hối đoái, Sở giao dịch là đấu mối vốn cả nội và ngoại tệ của toàn hệ thống) Sở Giao dịch II không làm đầu mối thanh toán quốc tế. Tài khoản NOSTRO tập trung về Sở giao dịch. Tất cả các chi nhánh đều nối mạng SWIFT trực tiếp với Sở giao dịch. Các chi nhánh tỉnh thành phố đều được thực hiện các nghiệp vụ kinh doanh đối ngoại.Năm 2000 cùng với việc mở rộng kinh doanh trên thị trường trong nước,

- Năm 2001 là năm đầu tiên NHNo triển khai thực hiện đề án tái cơ cấu với các nội dung chính sách là cơ cấu lại nợ, lành mạnh hoá tài chính, nâng cao chất lượng tài sản có, chuyển đổi hệ thống kế toán hiện hành theo chuẩn mực quốc tế đôi mới sắp xếp lại bộ máy tổ chức theo mô hình NHTM hiện đại tăng cường đào tạo và đào tạo lại cán bộ tập trung đổi mới công nghệ ngân hàng, xây dựng hệ thống thông tin quản lý hiện đại.

- Năm 2003 NHNo và PTNTVN đã đẩy nhanh tiến độ thực hiện Đề án Tái cơ cấu nhằm đưa hoạt động của NHNo&PTNT VN phát triển với quy mô lớn chất lượng hiệu quả cao Với những thành tích đặc biệt xuất sắc trong thời kỳ đổi mới, đóng góp tích cực và rất có hiệu quả vào sự nghiệp phát triển kinh tế xã hội của đất nước, sự nghiệp Công nghiệp hoá, hiện đại hoá nông nghiệp - nông thôn, Chủ tịch nước CHXHCNVN đã ký quyết định số 226/2003/QD/CTN ngày 07/05/2003 phong tặng danh hiệu Anh hùng Lao động thời kỳ đổi mới cho Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn Việt Nam.

- Tính đến năm 2004, sau 4 năm triển khai thực hiện Đề án tái cơ câu giai đoạn 2001-2010, Ngân hàng Nông nghiệp đã đạt được những kết quả đáng khích lệ. Tình hình tài chính đã được lành mạnh hơn qua việc cơ cấu lại nợ và tăng vốn điều lệ, xử lý trên 90% nợ tồn động. Mô hình tổ chức từng bước được hoàn thiện nhằm tăng cường năng lực quản trị điều hành. Bộ máy lãnh đạo từ trung ương đến chi nhánh được củng cố, hoàn thiện, quyền tự chủ trong kinh doanh được mở rộng hơn.

- Đến cuối năm 2005, vốn tự có của NHNo&PTNT VN đạt 7.702tỷ VND, tổng tài sản có trên 190 ngàn tỷ , hơn 2000 chi nhánh trên toàn quốc và 29.492 cán bộ nhân viên (chiếm 40% tổng số CBCNV toàn hệ thống ngân hàng Việt Nam), ứng dụng công nghệ hiện đại, cung cấp những sản phẩm, dịch vụ ngân hàng hoàn hảo…...Đến nay, tổng số Dự án nước ngoài mà NHNo&PTNT VN tiếp nhận và triển khai là 68 dự án với tổng số vốn 2.486 triệu USD, trong đó giải ngân qua NHNo là 1,5 tỷ USD. Hiện nay NHNo&PTNT VN đã có quan hệ đại lý với 932 ngân hàng đại lý tại 112 quốc gia và vùng lãnh thổ, là thành viên của nhiều tổ chức, hiệp hội tín dụng có uy tín lớn.

- Từ năm 2006 bằng những giải pháp mang tính đột phá và cách làm mói NHNo&PTNT VN (Agribank) thực sự khởi sắc. Đến cuối năm 2007, tổng tài sản đạt 325.802 tỷ đồng tương đương với 20 tỷ USD gấp gần 220 lần so với ngày đầu thành lập. Tổng dư nợ cho vay nền kinh tế đạt 242.102 tỷ đồng trong đó cho vay nông nghiệp nông thôn chiếm trên 70% với trên 10 triệu hộ gia đình, cho vay doanh nghiệp nhỏ và vừa chiếm trên 36% với gần 3 vạn doanh nghiệp dư nợ. Tổng nguồn vốn 295.048 tỷ đồng và gần như hoàn toàn là vốn huy động.

- Năm 2008 là năm ghi dấu chặng đường 20 năm xây dựng và trưởng thành của Agribank và cũng là năm có tính quyết định trong tiến trình hội nhập kinh tế quốc tế theo chủ trương của Đảng, Chính phủ. Trong chiến lược phát triển của mình, Agribank sẽ trở thành một Tập đoàn tài chính đa nghành, đa sở hữu, hoạt động đa lĩnh vực.

- 2009 cũng là năm Agribank ưu tiên và chú trọng công tác đào tạo, bồi dưỡng đội ngũ cán bộ đáp ứng yêu cầu của cạnh tranh và hội nhập. Triển khai thành công mô hình đào tạo trực tuyến; Tuyển thêm trên 2000 cán bộ trẻ, được đào tạo căn bản, có ngoại ngữ và tin học nhằm chuẩn bị nguồn lực cho các năm tiếp theo.
Đến cuối năm 2009, tổng tài sản của Agribank đạt xấp xỉ 470.000 tỷ đồng, tăng 22% so với năm 2008; tổng nguồn vốn đạt 434.331 tỷ đồng, tổng dư nợ nền kinh tế đạt 354.112 tỷ đồng, trong đó cho vay nông nghiệp nông thôn đạt 242.062 tỷ đồng.

- Năm 2009, Agribank vinh dự được đón Tổng Bí thư Nông Đức Mạnh tới thăm và làm việc vào đúng dịp kỷ niệm 21 năm ngày thành lập (26/3/1988 - 26/3/2009); vinh dự được Đảng, Nhà nước, Chính phủ, ngành ngân hàng, nhiều tổ chức uy tín trên thế giới trao tặng các bằng khen cùng nhiều phần thưởng cao quý

- Năm 2010, Agribank là Top 10 trong 500 doanh nghiệp lớn nhất Việt Nam. Thực thi Luật các tổ chức tín dụng năm 2010 và triển khai Nghị định số 59/2009/NĐ-CP của Chính phủ về tổ chức và hoạt động của Ngân hàng thương mại, năm 2010, HĐQT Agribank đã ban hành và triển khai Điều lệ mới về tổ chức và hoạt động của Agribank thay thế Điều lệ ban hành năm 2002. Cũng trong 2010, Agribank được Chính phủ cấp bổ sung 10.202,11 tỷ đồng, nâng tổng vốn điều lệ của Agribank lên 20.810 tỷ đồng, tiếp tục là Định chế tài chính có vốn điều lệ lớn nhất Việt Nam. Luôn tiên phong thực thi các chủ trương của Đảng, Nhà nước, chính sách tiền tệ của Ngân hàng Nhà nước, Agribank tích cực triển khai Nghị định số 41/2010/ NĐ-CP trên cơ sở tổng kết 10 năm thực hiện Quyết định số 67/1999/QĐ-TTg về Chính sách tín dụng phục vụ phát triển nông nghiệp, nông thôn, tiếp tục khẳng định vai trò chủ lực trong đầu tư cho nông nghiệp, nông thôn với tỷ trọng cho vay “Tam nông” luôn chiếm 70% tổng dư nợ toàn hệ thống. Năm 2010, Agribank chính thức vươn lên là Ngân hàng số 1 Việt Nam trong lĩnh vực phát triển chủ thẻ với trên 6,38 triệu thẻ, bứt phá trong phát triển các sản phẩm dịch vụ tiên tiến, đặc biệt là các sản phẩm thanh toán trong nước v.v… Ngày 28/6/2010, Agribank chính thức khai trương Chi nhánh nước ngoài đầu tiên tại Campuchia. Agribank chính thức công bố thành lập Trường Đào tạo Cán bộ (tiền thân là Trung tâm Đào tạo) vào dịp 20/11/2010. 2010 cũng là năm Agribank tổ chức thành công Đại hội Đảng bộ lần thứ VIII (nhiệm kỳ 2010 – 2015), Hội nghị điển hình tiên tiến lần thứ III, Hội thao toàn ngành lần thứ VI.